二百多年前，台北市瑠公農田水利會創始人郭錫瑠先生為解決台北地區農田灌溉水源問題，變賣全部家產，獨資開浚瑠公圳，將新店溪水引至大台北地區，耗費二十年才成功解決台北地區的引水問題。

為了宏揚郭錫瑠先賢造福桑梓的仁愛精神，「台北市瑠公農田水利會」於民國73年4月16日第2屆第5次臨時會員代表大會中，在全體代表們的支持下，提撥新台幣參億元，成立「財團法人中正農業科技社會公益基金會」。同年10月31日成立第1屆董事會，並於74年3月19日，經主管機關行政院農業委員會核可成立，於同年4月1日正式運作迄今。